Die Anamnese muss mittels eines standardisierten Fragebogens erhoben werden. Eine exakte Befragung nach Umweltbedingungen und beruflichem Umfeld ist notwendig, um mögliche Allergenexpositionen aufzudecken. Wichtige Faktoren sind Heufütterung, Vogelkontakte, Federbetten und -kopfkissen, Klimaanlage, Luftbefeuchter und Schimmelbildung an Zimmerwänden oder in feuchten Kellerräumen. Von Bedeutung kann auch eine Besserung der Beschwerden im Urlaub und unter stationärer Beobachtung sein.

Die Symptomatik hängt von Art, Häufigkeit und Intensität des Allergenkontakts ab. Die akute Verlaufsform bei massiver, intermittierender Antigenzufuhr (Reinigung eines Taubenschlags) führt 4 bis maximal 12 Stunden nach Exposition zu grippeähnlichen Beschwerden mit Fieber, Schüttelfrost, Abgeschlagenheit, Gliederschmerzen, Ruhedyspnoe und Husten (Fehldiagnose: Pneumonie). Nach wenigen Tagen klingen die Symptome ohne Therapie ab.

Bei der chronischen Form nach Kontakt mit kleinen Allergenmengen, vor allem bei der Ziervogelhalterlunge (Wellensittiche), ist der Zusammenhang mit der Allergenexposition dem Patienten selbst nicht bewusst. Die Symptome sind uncharakteristisch: Belastungsdyspnoe kommt bei fast allen Patienten vor. Häufig finden sich trockener Husten und ein chronisches Krankheitsgefühl mit Appetitlosigkeit, Gewichtsabnahme und Abgeschlagenheit (Fehldiagnose: idiopathische Lungenfibrose).

Der Untersuchungsbefund zeigt bei 80% der Patienten feinblasige Rasselgeräusche mit Sklerophoniecharakter (endinspiratorische Frequenzzunahme), betont über den basalen Lungenpartien. Nahezu pathognomonisch für die EAA ist das inspiratorische Qietschen, ein „juchzendes“ Geräusch bei der Auskultation, das sich insbesondere über den Oberfeldern bei EAA in etwa 30% findet – und fast nie bei anderen interstitiellen Lungenkrankheiten. Das Geräusch entsteht in den verengten Bronchiolen und ist Ausdruck der Bronchiolitiskomponente. Uhrglasnägel und Trommelschlägelfinger kommen bei 30% vor. Ruhedyspnoe und Zyanose sind selten.

Die bildgebenden Verfahren zeigen im akuten Stadium im Röntgen-Thoraxbild diffus verteilte azinäre Verschattungen mit fleckförmiger Betonung, im HR-CT milchglasartige und/oder mikronoduläre zentrolobuläre Verdichtungen. Nach Allergenkarenz bilden sich diese Veränderungen rasch zurück. Im chronischen Stadium kommen zusätzlich retikuläre Verschattungen hinzu, oft in segmentaler oder peribronchialer Ausbreitung, im Spätstadium auch emphysematöse Veränderungen. Auf einen Mitbefall der Bronchiolen weist das Mosaikmuster hin („air trapping“ einzelner sekundärer Lobuli). Im Gegensatz zur idiopathischen Lungenfibrose sind die Veränderungen nicht unterlappendominant, sondern gleichermaßen auch in den Mittel- und Oberfeldern lokalisiert. Im weiteren Verlauf der chronischen EAA bilden sich bei zunehmender Fibrosierung auch Schrumpfungen, Traktionsbronchiektasen und Honigwaben, wobei die charakteristischen Mikronoduli selbst in diesen späten Fällen oft noch nachweisbar sind. Das Bild kann im HR-CT aber auch vollständig einem UIP-Muster entsprechen. Ein normales Röntgen-Thoraxbild schließt die Diagnose der EAA nicht aus.

Eine HR-CT wird im Rahmen der Erstdiagnostik empfohlen. Zur Verlaufskontrolle genügt eine Röntgenübersichtsaufnahme.

Die Lungenfunktionsprüfung zeigt die Kombination aus Restriktion und Diffusionsstörung, wobei der Abfall des arteriellen PO₂ unter Belastung der sensitivste Parameter für die Diffusionsstörung ist.

Mit den erwähnten diagnostischen Verfahren lässt sich die Diagnose der interstitiellen Lungenerkrankung i. d. R. beweisen. Dass tatsächlich eine allergische Alveolitis vorliegt, verlangt den zusätzlichen Nachweis der Sensibilisierung. Dazu müssen im Serum die spezifischen IgG-Antikörper, die sog. Präzipitine, untersucht werden (heute meist mittels ELISA-Technik). Sie sind bei 80–90% aller Erkrankten nachweisbar.

Empfindlicher gelingt der Nachweis der Sensibilisierung durch die bronchoalveoläre Lavage (BAL). Hier findet sich bei deutlich erhöhter Gesamtzellzahl eine starke Vermehrung der Lymphozyten. Allerdings ist dieser Sensibilisierungsnachweis nicht geeignet, das spezifische Allergen ausfindig zu machen. Bei chronischer EAA kann die BAL-Lymphozytose weniger stark ausgeprägt sein. Eine BAL mit normaler Differenzialzytologie schließt die Krankheit weitgehend aus.

Die endoskopische oder chirurgische Lungenbiopsie ist selten erforderlich. Spezifische Befunde der allergischen Alveolitis (Trias aus bronchiolozentrischer interstitieller Pneumonie, zellulärer Bronchiolitis und kleinen, ungeordneten Epitheloidzellgranulomen) finden sich nur bei 50–70% der durch offene Lungenbiopsie Untersuchten. Das histologische Muster einer UIP oder NSIP kann auch bei EAA vorkommen und daher nicht zur Abgrenzung der EAA gegen eine idiopathische Lungenfibrose oder eine idiopathische NSIP beitragen.

Inhalative Provokationstestungen sind in den meisten Fällen entbehrlich. Dagegen können in unklaren Fällen Karenztests (probatorisches Vermeiden des verdächtigen Allergens mit nachfolgender Besserung) oder Expositionstests (versuchsweise Exposition gegenüber dem verdächtigen Allergen am Arbeitsplatz oder im häuslichen Umfeld) zur eindeutigen Diagnose führen.

Differenzialdiagnostisch kommen alle interstitiellen Lungenerkrankungen in Betracht, vor allem idiopathische interstitielle Pneumonien und Sarkoidose. Häufige Fehldiagnosen sind Pneumonie (bei akuter Verlaufsform) sowie chronische Bronchitis (bei chronischer Verlaufsform mit normalem Röntgen-Thoraxbild). Die chronische EAA kann die idiopathische Lungenfibrose oder idiopathische NSIP imitieren. Der HR-CT-Befund mit zentrilobulären Mikronoduli findet sich auch bei RB-ILD oder Pneumocystis-Pneumonie.

Die Verlaufskontrolle nach Allergenkarenz (mit oder ohne medikamentöser Therapie) erfolgt mittels Klinik, Lungenfunktionsprüfung (Spirometrie, Blutgase in Ruhe und unter Belastung, Diffusionskapazitätsmessung) und Röntgen-Thorax. Zunächst sollten die Untersuchungsintervalle 1 bis 3 Monate, später 6 bis 12 Monate betragen. In 80% der Fälle kann eine Befundnormalisierung erreicht werden.